• Khối Khoa học cơ bản

- Bộ môn Toán - Tin

- Bộ môn Y vật lý

- Bộ môn Hóa học

- Bộ môn Y sinh học di truyền

- Bộ môn Ngoại ngữ

- Bộ môn Lý luận chính trị

- Bộ môn Giáo dục thể chất

• Khối Y học cơ sở

- Bộ môn Giải phẫu

- Bộ môn Giải phẫu bệnh

- Bộ môn Sinh lý học

- Bộ môn Sinh lý bệnh - Miễn dịch

- Bộ môn Hóa sinh

- Bộ môn Vi sinh

- Bộ môn Ký sinh trùng

- Bộ môn Huyết học truyền máu

• Khối Lâm sàng

- Bộ môn Nội

- Bộ môn Ngoại bao gồm cả Tổ Bộ môn Ung bướu, Tổ bộ môn Phẫu thuật thực hành

- Bộ môn Phụ sản

- Bộ môn Nhi

- Bộ môn Chấn thương

- Bộ môn Điều dưỡng

- Bộ môn Phổi

- Bộ môn Chẩn đoán hình ảnh

- Bộ môn Mắt

- Bộ môn Răng hàm mặt

- Bộ môn Tai mũi họng

- Bộ môn Truyền nhiễm

- Bộ môn Y học cổ truyền

- Bộ môn Phục hồi chức năng

- Bộ môn Tâm thần

- Bộ môn Thần kinh

- Bộ môn Da liễu

- Bộ môn Y học gia đình

• Khoa Dược

- Bộ môn Dược lý, Dược lâm sàng, Độc chất

- Bộ môn Quản lý kinh tế Dược

- Bộ môn Dược liệu, Dược cổ truyền

- Bộ môn Bào chế

- Bộ môn Kiểm nghiệm dược

• Khoa Y tế công cộng

- Bộ môn Dịch tễ học

- Bộ môn Tổ chức và Quản lý y tế

- Bộ môn Dinh dưỡng và An toàn thực phẩm

- Bộ môn Sức khỏe môi trường

- Bộ môn Xã hội học sức khỏe

• Khoa Quân sự
• Trung tâm Đào tạo Kỹ năng Y khoa (Skillslab)
• Trung tâm Dịch vụ khoa học - kỹ thuật Y Dược
• Trung tâm Nghiên cứu dân số và phát triển sức khỏe nông thôn
• Thư viện và Trung tâm Công nghệ thông tin
• Bệnh viện Đại học Y Thái Bình
• Các phòng chức năng

- Phòng Quản lý đào tạo Đại học

- Phòng Quản lý đào tạo Sau đại học

- Phòng Khảo thí và đảm bảo chất lượng giáo dục

- Phòng Tổ chức cán bộ

- Phòng Hợp tác quốc tế

- Phòng Quản lý khoa học

- Phòng Hành chính và công tác chính trị

- Phòng Vật tư, trang thiết bị

- Phòng Quản trị